Stephen Gately chia tay với bạn trai đầu tiên của anh, Stephen Howard vào năm 1993. Howard trở thành người nghiện ma túy và tự tử vào năm 1995.[2]

Ngày 16/6/1999, khi Boyzone đang ở trên đỉnh cao thành công thì Stephen bất ngờ tuyên bố trong bài phỏng vấn trên tờ The Sun "Tôi đồng tính và tôi đang yêu"… tin gây sốc này đã làm đổ vỡ nhiều trái tim fan nữ hâm mộ anh tại quê hương của Boyzone cũng như trên thế giới, Stephen tâm sự rằng anh đã phải vượt qua nhiều rào cản tâm lý cũng như nỗi sợ hãi bị các thành viên khác ghét bỏ để công khai giới tính thực của mình, nhưng đổi lại Stephen có được sự tôn trọng và động viên của các thành viên trong nhóm cũng như từ khán giả hâm mộ[8]

Anh cũng công khai chuyện hẹn hò với bạn trai Eloy de Jong của nhóm nhạc Hà Lan Caught in the Act, họ gặp nhau lần đầu tiên vào năm 1995 và giữ mối quan hệ cho đến tháng 1 năm 2002 thì đường ai nấy đi. Sau khi ổn định một thời gian, qua sự giới thiệu của Elton John & David Furnish Stephen làm quen với doanh nhân Andrew Cowles, chỉ sau mấy tháng hẹn hò Stephen và Andrew đã đi tới hôn nhân "chưa chính thức" bằng một lễ cưới tại Las Vegas năm 2003, 19/3/2006 họ hợp thức hóa mối quan hệ của mình bằng lễ cưới lần 2 tổ chức ở London, rất nhiều người hâm mộ đã chúc mừng hạnh phúc cho cặp đôi này.[9]